La MDL GDLT est dirigée selon une structure bicamérale : un Directoire exécutif et un Conseil de Surveillance indépendant.
Organe exécutif de l'association, le Directoire est chargé de la gestion quotidienne, de l'organisation des événements et de la mise en œuvre de la politique associative. Il rend compte régulièrement au Conseil de Surveillance.
Organe de contrôle indépendant du Directoire, le Conseil de Surveillance veille au respect des statuts, contrôle la gestion financière et approuve les décisions stratégiques majeures. Il garantit la légitimité et la transparence de l'association.